شهر بخارا بيست هزار نفر پادگان داشت و آنها چند روزى هم استقامت كردند و يك بار نيز سربازان محصور صف سپاه مغول را شكسته و از شهر بيرون آمدند ، مغولها گو اينكه اختلالى در آنها پيدا شده بود دوباره تحت نظم درآمده آن جماعت را به سختى منهزم و تعقيب كرده در حوالى رود سيحون آنان را كشته و تارومار نمودند و بخارا در نتيجه تسليم گرديد . چنگيز خان سواره در مسجد جامع راند كه در آنجا مغولها براى اين پيروزى كه نصيب آنها شده بود مجلس جشن برپا كرده و بعيش و نوش مشغول بودند . كليهء سكنه و اهل شهر را جمع كردند و اشخاص متمول و ثروتمند تمامى دولت و ثروتشان را با كمال منت بمغولها تسليم نمودند كه مينويسند « در حين فرار جز جامه‌اى كه در تن داشتند چيزى ديگر نتوانستند با خود ببرند » آنگاه شهر بباد چپاول و غارت رفت و بعد طعمهء حريق شده و تلى از خاكستر گرديد . تودهء مردم بيچاره و بدبختى كه بودند بين فاتحين وحشى تقسيم شدند كه معمولشان اين بود آنهائى كه به درد كار ميخوردند براى پناه دستجات هنگام حمله و يورش ، براى نقب زدن ، براى نصب كردن آلات محاصره و در موقع ضرورت براى پر كردن خندق يك شهر را از چوب و الوار و غيره به كار ميانداختند كه در صورت كسر داشتن با بدنهاى خود ايشان آنكسرى را تكميل ميكردند يعنى خود آنها را توى خندق ميريختند . اما زنان حاجت به بيان نيست كه آنها شكار فاتح و اسيركنندگان وحشى و ديو سيرت بودند . پس از فتح بخارا چنگيز عازم درهء حاصلخيز زرافشان و از آنجا متوجه سمرقند شد كه چهل هزار نفر پادگان داشت . سمرقند استقامتى بخرج نداد ، زيرا سپاهيان ترك بدين اميد كه نسبت به آنها رفتار خوب خواهد شد به زودى تسليم شدند ولى لشكر مغول تركان را هم قتل‌عام كردند . در اينجا سى هزار نفر از صنعتگران را لشكر مغول بين خود تقسيم نمودند و سى هزار نفر ديگر نيز براى بيگارى در ارتش اختصاص داده شد ، پنجاه هزار نفر نيز با پرداخت خونبها آزاد ماندند ولى از همين عده نيز جماعتى را به كارهاى نظامى گماشتند ، در واقع در شهر سمرقند پس از حملهء مغول ديگر كسى باقى نماند . لشكريان مغول از اين مسئله فراغ خاطرى حاصل كردند زيرا ديگر احتمال بيم